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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

“桥都”重庆又一大桥合龙 系“中国首座”******

  中新社重庆1月12日电 (张旭)重庆轨道交通18号线李家沱长江复线桥于12日顺利合龙。重庆市住房和城乡建设委员会表示,该桥为中国首座公轨同层非对称性布置的大跨度钢箱梁斜拉桥。

1月12日,春节临近,随着最后一节钢箱梁成功吊装,重庆轨道交通18号线李家沱长江复线桥顺利合龙。据悉,李家沱长江复线桥为重庆轨道交通18号线控制性工程,全长1306.2米,于李家沱长江大桥上游侧约52米处平行跨越长江。主桥采用主跨454米的双塔双索面斜拉桥,全桥共160根斜拉索。图为李家沱长江复线桥合龙仪式现场。 陈超 摄图为李家沱长江复线桥合龙仪式现场。 陈超 摄

  李家沱长江复线桥为重庆轨道交通18号线控制性工程,全长1306.2米,于李家沱长江大桥上游侧约52米处平行跨越长江。主桥采用主跨454米的双塔双索面斜拉桥,全桥共160根斜拉索。

  据投资方之一中国铁建股份有限公司介绍,李家沱长江复线桥主梁采用钢箱梁结构,划分为94节段,标准梁段重247吨,最大梁段重407.9吨。首片钢箱梁于2021年11月起吊,历时400多天完成全部钢箱梁吊装。

李家沱长江复线桥合龙仪式现场。 陈超 摄李家沱长江复线桥合龙仪式现场。 陈超 摄

  据悉,面对景观与老桥匹配性不高、地形限制等难题,大桥创新性地设计为路轨同层布置,一侧为四车道市政道路,一侧为城市轨道交通。重庆市桥梁协会副会长、重庆纳川工程技术有限公司董事长刘强认为,该布置让视野更开阔,与周边环境更协调,交通组织更合理。

  重庆是北京茅以升科技教育基金会桥梁委员会认定的中国“桥都”。据重庆市桥梁协会统计,截至2022年底,重庆“三江”(长江、嘉陵江、乌江)上已建成特大桥128座。

李家沱长江复线桥。 陈超 摄李家沱长江复线桥。 陈超 摄

  这其中,轨道交通大桥就有不少。据重庆市住房和城乡建设委员会统计,重庆中心城区已建成轨道交通大桥13座,其中通车(含轨道专用和公轨两用,公轨两用需公路、轨道交通均通车)的有10座,还有一批正在规划和建设中。(完)

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